皇帝柑放冷庫能保鮮4至5個月左右。為了保證冷庫的保鮮效果，冷庫溫度設置在0至1度為宜，冷庫相對濕度控制在85%至90%。

在儲存皇帝柑的過程中，要特別注意調節控制溫度和濕度。溫度過低，會凍傷果實；溫度過高，會加速病變果實的腐爛過程。此外，皇帝柑在放入冷庫前，要有一個冷卻過程（即預冷）。預冷的溫度一般為3~5℃，預冷降溫速度越快，貯藏效果越好。

想要冷庫達到預期內的保鮮效果，皇帝柑在冷庫儲存期間的管理也十分重要。冷庫須每隔3周檢查皇帝柑的硬度、顏色、味道等指標，此外要定期進行通風換氣，防止庫內空氣污濁，保持冷庫空氣清新潔凈。皇帝柑存放之處與地面之間，必須放置冷庫專用墊板，確保底部貨物通風，通風情況好的話保鮮效果會更好一些。